Thun war seit 1528 reformiert; die Kirche war dem Staat untergeordnet und diente als Instrument zur Herrschaftsausübung. Die helvetische Verfassung führte 1798 die Glaubens- und Gewissensfreiheit ein. Damit verlor die Kirche ihre Monopolstellung in Glaubensfragen, und ihre Bedeutung als Mittel zur Volkserziehung und Sozialdisziplinierung schwächte sich ab. In der Zeit der Mediation und Restauration lebte die alte Staatskirche zwar nochmals auf, doch die Kantonsverfassung von 1831 verankerte den Grundsatz der Glaubens- und Gewissensfreiheit endgültig. Trotzdem blieb die bernische reformierte Kirche als öffentlich-rechtliche Körperschaft bis heute mit dem Staat verbunden.

1827 lebten gut 4000 Personen in der Kirchgemeinde Thun, die neben der Stadt auch Strättlingen, Goldiwil und Schwendibach umfasste. Den kirchlichen Dienst versahen zwei Pfarrer, unterstützt durch einen Helfer, der «das Filial Scherzlingen u. in Nothfällen die Pfarren der Aemter Frutigen u. Nieder- Simmenthal versieht.»⁷⁴ Weil die Bevölkerung ab dem ausgehenden 19. Jahrhundert stark zunahm, hatten die Thuner Pfarrer immer mehr Kirchenmitglieder zu betreuen; 1919 waren es 13400 Personen.

Nach der Eingemeindung erhielt Strättligen 1920 einen eigenen Pfarrer und 1922 mit dem Kirchgemeindehaus an der Schulstrasse einen kirchlichen Begegnungsort mit einem Predigtsaal. Im Bezirk Goldiwil-Schwendibach baute die reformierte Kirchgemeinde 1950 eine Kirche. Zuvor hatte der Gottesdienst einmal pro Monat mit einem Thuner Pfarrer in einem Goldiwiler Schulhaus stattgefunden, die Jugendlichen hatten die Unterweisung in Thun besucht und die Toten waren auf dem Thuner Stadtfriedhof beerdigt worden. Im Lerchenfeld wurde in den 1920er-Jahren einmal monatlich, ab 1945 einmal wöchentlich ein Gottesdienst im Saal des Restaurants Waldeck abgehalten. 1951 erhielt auch das Lerchenfeld eine Kirche. Ebenfalls in den 1950er-Jahren entstanden das Kirchgemeindehaus an der Frutigenstrasse sowie die Kirchen im Gwatt und in der Schönau. 1967 eröffnete das Kirchenzentrum Johannes im Dürrenast seinen Betrieb und 1995 wurde in Allmendingen eine Kirche eingeweiht.

Protestantische Gottesdienste in französischer Sprache gab es in Thun schon im ausgehenden 17. Jahrhundert für die hugenottischen Flüchtlinge, die jedoch nur wenige Jahre in Thun blieben und ihre eigenen Prediger mitgebracht hatten. Ein Thuner Pfarrer hielt erst im September 1819 anlässlich der Eröffnung der Eidgenössischen Militärschule in der Stadtkirche eine Predigt auf Französisch. Spätestens ab 1870 fanden für die frankofonen Protestanten regelmässig im Sommer Gottesdienste in der Scherzligkirche statt; 1951 richtete die französischsprachige Kirchgemeinde, die Paroisse Française, im neuen Kirchgemeindehaus an der Frutigenstrasse die Chapelle Romande ein.

1920 beschloss die Thuner Kirchgemeindeversammlung die Einführung des aktiven Stimmrechts für Frauen, das diese dank einer kantonalen Gesetzesänderung 1930 erstmals ausüben durften. 1934 entschied das gleiche Gremium mit grosser Mehrheit, auch das passive Frauenwahlrecht einzuführen, und noch im selben Jahr wurden zwei Frauen in den Kirchgemeinderat gewählt. Weil damals nur 236 Frauen an der Kirchgemeindeversammlung teilnahmen, was knapp fünf Prozent der weiblichen Stimmberechtigten entsprach, fragte sich das «Oberländer Tagblatt», ob man aus der starken Stimmabstinenz der Frauen «auf einen Protest der Frauen gegen das Frauenstimmrecht selbst schliessen» könne.⁷⁵ Die noch niedrigere Wahlbeteiligung der Männer – es erschienen nur 182 Männer an der Versammlung – war für die Zeitung jedoch nicht der Rede wert. Bis erstmals eine Frau in Thun einen Gottesdienst leitete, verging nochmals ein halbes Jahrhundert: Ab 1986 war die erste Pfarrerin in Strättligen tätig.

Auf den 1. Januar 1967 konstituierte sich die Gesamtkirchgemeinde Thun mit den fünf Kirchgemeinden Thun-Stadt, Strättligen, Goldiwil-Schwendibach, Lerchenfeld und Paroisse Française. Nach 1970 war die Mitgliederzahl der reformierten Kirchgemeinde rückläufig, was zu tieferen Steuereinnahmen und damit zu finanziellen Problemen führte. Davon ist besonders die Kirchgemeinde Strättligen betroffen, die knapp 50 Prozent der Mitglieder der Gesamtkirchgemeinde Thun stellt. Auf ihrem Gebiet stehen fünf teilweise sanierungs- bedürftige Kirchen. Seit 2012 diskutiert sie die Schliessung von überzähligen kirchlichen Räumen, wobei die Johanneskirche im Zentrum der emotional geführten Debatten steht.⁷⁶